A CCDR Alentejo tem por missão promover a Cooperação Territorial Europeia mediante o fomento da cooperação transfronteiriça, transnacional e inter-regional, bem como coordenar o apoio técnico às iniciativas de cooperação com interesse para os atores e agentes locais. Deve ainda promover a participação da região nos espaços europeus e internacionais, divulgar oportunidades de cooperação por entre os agentes regionais e assegurar a participação regional em instâncias europeias de cooperação transfronteiriça, transnacional e inter-regional, bem como a representação nos órgãos de gestão e acompanhamento de programas com incidência regional, orientadas, naturalmente, para o desenvolvimento socioeconómico do Alentejo e das demais regiões participantes.
Compete à Divisão da Cooperação e Promoção promover a coordenação e desempenho de atividades que permitam concretizar estas funções.